Tijdens de Tweede Wereldoorlog, van 1942 tot 1945, kwamen de Molukken onder Japanse bezetting. De strategische ligging van de eilanden en hun waardevolle hulpbronnen, zoals specerijen en hout, maakten de Molukken belangrijk voor de Japanse oorlogsinspanningen in Zuidoost-Azië.
De Japanse bezetting was voor de lokale bevolking een periode van angst, schaarste en dwangarbeid. Veel Molukkers werden verplicht te werken in voedselproductie, aanleg van infrastructuur en militaire projecten voor de Japanners. Velen leden onder honger, ziekten en geweld. Vooral mannen werden vaak weggevoerd om te dienen in het Japanse arbeidsleger of als dwangarbeiders in andere delen van de archipel.
Het geloof bood troost en kracht in deze moeilijke tijden. De islam bleef sterk aanwezig, vooral op eilanden zoals Ambon, Seram en de omliggende gebieden, en gaf de gemeenschap houvast in het dagelijks leven. Moskeeën boden een plek voor gebed en solidariteit, terwijl ook het christendom op Ambon steun bood aan de lokale bevolking. Het geloof werd zo een bron van weerstand, moraal en gemeenschapszin, ondanks de restricties van de bezetter.
De Japanse bezetting had bovendien invloed op de toekomstige Molukse gemeenschap in Nederlands-Indië. Jongemannen die later dienst namen in het Koninklijk Nederlandsch-Indisch Leger (KNIL) hadden vaak al ervaring met strenge discipline en harde omstandigheden, wat hun veerkracht en doorzettingsvermogen versterkte. Tegelijkertijd versterkte de bezetting het gevoel van solidariteit, identiteit en religieuze verbondenheid binnen de Molukse dorpen.
Na de capitulatie van Japan in augustus 1945 bevonden de Molukken zich in een periode van chaos. De terugtrekking van de Japanners liet een machtsvacuüm achter dat de onafhankelijkheidsstrijd in Indonesië verder aanwakkerde. Molukkers werden geconfronteerd met geweld, politieke onzekerheid en de moeilijke keuzes over hun toekomst, wat uiteindelijk leidde tot de migratie van KNIL-soldaten en hun gezinnen naar Nederland.
De Japanse bezetting liet diepe sporen na in de Molukse geschiedenis: het was een periode van lijden, verlies, maar ook van veerkracht en gemeenschapszin. Het blijvende belang van de islam speelde hierin een centrale rol, als bron van kracht, identiteit en saamhorigheid, die de Molukse bevolking hielp stand te houden en hun cultuur en tradities te behouden.